徐有壬的事例在当时翻译的西方科学书籍中经常存在，因为书中的原理通常缺乏用较先进的符号系统写成的公式及推导过程，故而如果没有大量的注释，就会很难理解。在这种情况下，徐从较熟悉的中国典籍中寻找对应的理论，使西方的知识在中国文化背景下得到理解，从而实现了理论的创新。
事实上，晚清科学知识便是在中西文化间的翻译和注释过程中传播，并实现1定程度的创新的。例如有人指出：“咸丰间海宁李壬叔与伟烈亚力续译《几何》之后9卷，又译《重学》，又《对数理探源》，有尖锥泛积表。钱塘戴鄂士亦有《对数简法》，皆与讷白尔造表之理相合。然较诸彼国创始此表，真数屡次开方，假数屡次折半求至数10次，而真数、假数始能会通者，可谓事逸而功倍。徐庄愍公垛积招差割圆缀术，皆能发西人所未发。”（注：《中西算学源流考》，《何编》，卷8，学术，算学。）
　　　　4、关于科学系统性特征的认知
随着科学知识的增加，科学内部的体系构架问题也相应地突出起来。
如前引《子部总》1文，早先关于科学知识的分类采用的是书籍分类法，对学术门类本身的内涵和外延没有明确的界定，而且基本不考虑门类之间逻辑上的相关性。1861年，冯桂芬在《采西学议》1文中，即以书籍分类方式将部分近代科学门类纳入儒家“格物”的范畴，“惟明末意大里亚及今英吉利两国书凡数10种，其述耶稣教者，率猥鄙不足道；此外如算学、重学、光学、视学、化学等皆得格物至理。”（注：冯桂芬：《采西学议》，《葛编》，卷120，洋务20，培才。） 冯氏对近代科学知识了解显然不多，将“视学”与“光学”视为不同的门类即是1种体现。
李鸿章则试图将明末清初传教士输入的西学分类方式放在中国传统术语下来理解。“世之说易者，以理为主宰，以气为流行，以数为对待。泰西之学，则以默达费西加说理，费西加说气，玛得玛第加说数。利氏东来，中国始有《名理探》、《几何原本》2书，盖其1说理，其1说数，……盖说气之书，得之试验，以资推测者也。如谓地心吸力悟自坠苹，而奈端之动律出；蒸气涨力推自煮茗，而瓦德之汽机成，固皆推见至隐之事。”（注：李鸿章：《格物入门序》，《陈编》，卷10，学术10，格致上。按：“默达费西加”（metaphysics）现译为“形而上学”，费西加（physics）现译为“物理学”，玛得玛第加（mathematics）现译为“数学”。） 在李鸿章的概念中，“默达费西加”似乎相当于儒家所谓形而上的“理”，不仅是《名理探》中的逻辑学知识，这类学问在整个学问体系中居于主导地位；根据“气”是“得之试验，以资推测者”，“费西加”似乎指有关自然现象的规律；而“玛得玛第加”指数学知识，是整个学术体系的基本工具。
自《陈编》之后的各编中，有关科学系统内部各科关系的探讨逐渐兴起。例如，潘克先首先确定数学在科学体系中的基础地位，认为：“西学门类繁多，而要皆权兴于算学。学者从天算入门，虽不能尽通各艺，而凡1切制造考验分合变化皆从此出，故天算尤为西学之要也。”然后他从实用角度出发，确定各学科在科学体系中的位置：“惟于天算之外，择要而图，余则姑从其缓。如重学为权衡之本，机器之根，近之用于制造工程，远之推夫天空星曜。矿学探金石之源，分煤铁之质，铜银铅锡依样可别。化学之用甚溥，体验诸1身，觉察乎万物，大可搜测山海，小可剖析毫芒。”（注：潘克先：《中西书院文艺兼肆论》，《陈编》，卷42，礼政7，学校中。） 以科学的系统性特征作为学堂设科的依据，并在《学堂论》1文中从国家财力的角度，判断各科发展的轻重缓急：“格致之学，请以天文气学为1科，物理化学为1科，声、光、电学为1科。然天文、气学其用尚可缓，其费则独巨，且俟财力充裕后，然后设之。是格致学内不可不先设专门学堂者，惟2科。”（注：《学堂论》，《甘编》，卷5，学校下。） 从中可见其对科学系统的认识是：早先为人所看重的天文历法已失去原有的地位，算学也已不在格致的范围之内，而划“物理化学”和“声光电学”为两科，其中声、光、电学本属物理学，故这种划分可能表明对理论科学与应用科学的区别。
随着对科学知识水平要求的提高，“学问分科”也日益被强调，如开办京师大学堂时提到：“学问宜分科也。京师同文、广方各馆西学所教，亦有算学诸端，徒以志趣太卑，浅尝辄止，历年既久，成就甚稀，不立专门，终无所得也。”（注：官书局：《议覆开办京师大学堂折》，《陈编》，卷1，学术1，原学。）
于是，在较后的《经世文编》里，“学科”这1概念逐渐被使用。虽然人们使用“学科”1词时，其含义往往并不1致，但近代科学的各个分支逐渐获得了“学”的地位。如张謇称：“西政专门之书，经东（按：日本）今列为学科者，类已逾百。……日本学科并有专书，……各有设局编小学堂及中学堂课本书，译各史及各学科书。”（注：张謇：《变法平议》，《邵编》，卷102，通论部3。） 这里的“学科”1词还是与书籍有某种关系。而梁启超在《教育当定宗旨论》中，将“学科”理解为课程，“1国之有公教育也，所以养成1种特色之国民，使之结为团体，以自立竞存于优胜劣败之场也。然欲达此目的，绝非可以东涂西抹，今日学1种语言，明日设1门学科，苟且敷衍，乱杂无章，而遂可以收其功也。”（注：梁启超：《教育当定宗旨论》，《甘编》，卷19，教宗。） 但在他的《新史学》中，“学科”已指自成体系的学问：“今日泰西通行诸学科中，为中国所固有者惟史学，史学者学问之最博大而最切要者也。”（注：梁启超：《新史学》，《甘编》，卷20，学术。）
同时，人们也开始思考近代科学的分科依据。有人认为，学问分类取决于物类的分化，“万物有有形、无形之分，界限甚明，且有形之物又分有生命与无生命之两类。物类既分，学问之类即由此而亦分。然则缘各物之类为类者，是固学问中分门最善之法也。”（注：《学问之源流门类》，《甘编》，卷20，学术。） 该作者还就天文学与算学的密切关系，认为天文学不是1门独立的学科；而地理学由于与形性学（物理学）及化学的密切关系，也不是独立的学科。梁启超从西方科学发展的历史脉络入手，探讨科学体系中各学科之间的关系，“西学之属先虚而后实，有形有质之学，皆从无形无质而生也。故算学重学为首，电化声光汽等次之，天地人谓全体学，物谓动植物学等次之，医学图学全属人事，故居末焉。”（注：梁启超：《西学书目表序例》，《麦编》，卷21，杂纂，西学。）这1认知颠倒了以往对科学突出功利性的认知序列。
这些见解虽然只是尝试性的，但随着对科学系统性认知的出现，人们对科学的认知便基本完成了跨文化的调适，科学成为了中国近代知识体系中1个自成体系的组成部分。

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